そうですね。悩みどころかと思いますが、
GPU(CUDA)的には、Quadro 600 は元々それほどのパフォーマンスがある製品ではありません（CUDAコア数が96）ので、ＣＡＤや３Ｄも使用しつつ、性能も・・・ということであればK2000以上にアップグレードする。
CUDAだけであれば、GeForceGTX780 あたりまで引き上げる事もありかと存じます。
場合によっては電源のパワーアップも必要だったりと面倒ではありますが、600から比べるとかなりパフォーマンスはあげられるかと思われます。
After Effectsの必要システム用件にＧＰＵ項目がありませんが、Premiere Pro の方と同じとのことなので、参考にしてはどうでしょうか。